Sind die Voraussetzungen für eine qualitätsmäßig hohe Ernte aufgrund vieler Niederschläge nicht gegeben, können die erforderlichen Qualitäten nur selten geerntet werden. Mit der fehlenden Qualität steigt auch die Bedeutung der Gefahr von Mykotoxinen in den Erzeugnissen bei der Verfütterung an.

Mykotoxine werden von Pilzen durch deren Stoffwechsel gebildet. Sie können sowohl am Feld als auch im Lager entstehen. Am Feld spielen die Arten der Gattung Fusarium eine wesentliche Rolle. Fusarien sind für die Toxinbelastung verantwortlich, kommen auf natürliche Weise in allen Böden vor und sind entscheidend für den Abbau von abgestorbenen Pflanzenresten. In der Fütterung sind sie jedoch unerwünscht, da Fusarien unterschiedliche Pilzgifte produzieren. Besonders Schweine reagieren auf Toxine äußerst empfindlich. Deoxynivalenol (DON) wirkt sich auf die Futteraufnahme aus – schlechte Tageszunahme in der Mast.

Besteht bei der Ernte der Verdacht auf eine Toxinbelastung, sollte bei der Einlagerung auf eine Reinigung des Getreides nicht verzichtet werden. Mit der Entfernung von Schmachtkörnern, Spelzen und auch Staub kann die Gefahr einer Verpilzung gesenkt werden. Lässt sich eine Minimierung der Toxinbelastung nicht verhindern, so sollte die Futterration mit unbelasteten Getreide oder Mais gestreckt/vermischt werden.